在遗址发掘过程中，考古学家发现大量铁渣、炼铁炉及相关金属加工遗迹，显示当时居民已经能够利用技术进行金属生产与加工。
这在台湾史前文化研究上具有相当重要的意义。
除了铁器之外，十三行文化也出土许多陶器、玻璃珠及其他外来物品，反映当时居民的生活需求、工艺技术及对外交流情形。
其中，最具有代表性的文物之一就是「人面陶罐」，其特殊的人面造型不仅具有艺术特色，也引发许多关於史前居民生活与文化信仰的研究。
透过这些文物，参观者可以更具体地想像一千多年前台湾北部居民的生活样貌。
三结合建筑艺术，让参观者体验考古发掘的过程
十三行博物馆的建筑本身也是非常值得介绍的特色。
博物馆建筑由建筑师设计，以考古发掘及先民乘船渡海来台的意象为构想，透过不同形状、角度及高低落差的建筑量体，呈现山、海、时间与历史之间的关系。
其中，最具特色的是倾斜的八角塔建筑，外观并非传统方正的博物馆形式，而是以不规则及倾斜的造型，象徵考古遗址经过时间变迁後所留下的不完整历史痕迹。
另外，博物馆入口的斜坡动线，也具有特殊的设计意义。
参观者进入博物馆时，需要沿着坡道逐渐往下走，彷佛进入地下考古遗址，象徵考古学家深入地层寻找历史线索的过程。
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