十三行遗址之所以命名为「十三行」，主要是因为当地过去的地名为「十三行庄」。
至於名称的由来，民间流传着清代曾有十三家商行在当地经商的说法，不过也有学者提出其他可能的解释。
然而，十三行遗址的保存并非一帆风顺。
民国78年至81年1989年至1992年间，政府规划在遗址所在地兴建八里污水处理厂，由於工程可能破坏重要的史前文化遗存，因此引起考古学界及民间团体的关注，进而展开抢救遗址的行动。
经过多方协调与讨论，政府决定保留部分遗址范围，并规划兴建博物馆，以保存及展示十三行遗址出土的珍贵文物。
民国81年1992年，行政院核定由台北县政府负责筹设十三行博物馆，作为保存十三行文化及推广考古教育的重要场馆。
民国84年1995年，中央相关部会决议设立「十三行遗址文物陈列馆」，并由中央与台北县政府共同投入兴建经费。
民国87年1998年，正式更名为「十三行博物馆」，并开始进行建馆工程及相关展示规划。
经过多年的筹备与建设，民国92年2003年4月24日，十三行博物馆正式开馆，成为北台湾重要的考古专业博物馆。
博物馆的设立目的，除了保存十三行遗址出土的文物，也希望透过展示、研究、教育及文化推广，让社会大众认识台湾史前文化，提升民众对考古及文化资产保存的重视。
後来，博物馆也逐渐将发展范围延伸至八里地方文化、环境教育及公众考古，并建置新北考古公园，让考古知识不再只是存在於室内展览，而是能透过实际体验融入民众生活。
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